Le 6 mai 2012, le décret n°2012-649, en application de la loi d'avril 2006, a reconfiguré en profondeur l'espace du parc national qui est aujourd'hui constitué de :
deux « cœurs », espaces de protection et d'accueil du public, constitués de l'île de Port-Cros et des espaces naturels propriété de l'Etat de l'île Porquerolles ainsi que leur frange marine jusqu'à une distance de 600 m,
une « aire potentielle d'adhésion », espace de projet de développement durable à élaborer avec en partenariat avec les 11 communes qui le composent,
une « aire maritime adjacente » réplique en mer de l'aire d'adhésion, qui couvre l'espace marin au droit de ces 11 communes et étendue jusqu'à 3 milles marins au sud des île,
La carte
En décembre 1963, le premier parc national marin d'Europe est créé sur l'île voisine de Port-Cros.