Pour l'année 2006, les dépenses budgétaires globales s'élèvent à 6 550 317 €, dont 5 326 256 € en charges de fonctionnement représentant 81,31 % des dépenses globales. Les ressources budgétaires atteignent 6 247 180  €, dont 5 080 501 € en recettes de fonctionnement représentant 81,32 % des ressources globales. Ce budget porte sur l'ensemble des missions du Parc, à l'exception du Conservatoire botanique qui a son budget propre.

Elles s'élèvent globalement à 5 080 501 €, dont 55,11 % du Ministère de l’Ecologie et du Développement Durable.

1.                  Subvention d'exploitation  du Ministère de l’Ecologie et du Développement Durable pour 2 800 000 €, dotation pour les dépenses de personnel et les charges courantes.

2.                  Subventions d'exploitation autres pour 986 445 €, qui représentent la participation financière de nos partenaires aux actions du Parc national de Port-Cros.  Elles proviennent des collectivités territoriales (Conseil régional PACA, Conseil général du Var pour la gestion du Cap Lardier, de la Mairie de Hyères pour la gestion du Tombolo et de la Presqu'île de Giens, du Ministère de l' Ecologie et du Développement Durable pour la Mission de création du Parc marin de Mer d'Iroise et Pelagos " Sanctuaire des mammifères marins en méditerranée ", de services déconcentrés du Ministère de l'Ecologie (DIREN PACA) et de l'Agriculture (DDAF du Var) dans le cadre de Natura 2000 et enfin du mécénat d'entreprise (Fondation d'entreprise Total).

3.                  Les ressources propres (hors amortissement 777) pour 672 084 €. Elles proviennent des ventes de publications et autres produits, des droits d'entrée aux expositions et accompagnements, des redevances portuaires,  des taxes passagers, des locations et des produits financiers de l'établissement.

Elles s'élèvent globalement à 5 326 256 €, dont 58,06 % représente des dépenses de personnel.